La construcción se inició en 1909 con un proyecto del arquitecto catalán Manuel Vega y March, pero su terminación definitiva no fue hasta 1977, aunque se abrió al culto desde 1917. Esta iglesia, que sustituyó a la primera ermita y posterior iglesia de San Juan de principios del siglo XVI, tiene "valor monumental" para la ciudad y de referencia para la isla.

El edificio se caracteriza por el estilo neogótico, típico de las épocas decimonónicas y de principios del siglo XX, con el lógico eclecticismo que singulariza a este periodo. La iglesia sigue el modelo gótico-catalán, con tres naves longitudinales que se separan con arcos ojivales y grandes vidrieras en huecos de arco apuntado. Mientras que la nave central es de doble anchura con respecto al módulo de las naves laterales, éstas continúan en torno al ábside y lo rodean formando la girola o deambulatorios.

Las bóvedas de las naves y del ábside son de crucería y las columnas recogen el sistema de nervaduras de la bóveda a partir de la línea de la imposta de los arcos. La iglesia es de planta basilical, pero su estructura espacial tiende a la de planta central. Destaca el imafronte del templo a la plaza de San Juan, con el cuerpo central formado por un pórtico abocinado de arquivoltas, rosetón y remate con gablete, que se enmarca entre dos cuerpos verticales coronados con pináculos. El edificio está totalmente construido en la célebre “piedra azul” o “cantería de Arucas”.