La importancia de la Basílica de San Juan Bautista en la arquitectura de las islas reside en el valor ejemplar que presenta en la conjunción de elementos góticos, mudéjares y renacentistas. Además, es uno de los edificios más antiguos, cuyo origen puede ser el de una ermita de finales del siglo XV.

Situada en la plaza de San Juan, se construyó a iniciativa del conquistador Hernán García del Castillo. En el siglo XVI se sustituyó por una construcción de tres naves y, al parecer, las obras corrieron a cargo de Alonso de Montaude. Más tarde intervino Juan de Palacios. Fue en esta época cuando se construyó la capilla Mayor de la Concepción, hoy San José, y la de San Bartolomé, hoy del Corazón de Jesús.

En el siglo XVII se levantaron las capillas de Nuestra Señora del Rosario y la de San Ignacio de Loyola, mientras que en el XVIII se construyó la sacristía y el baptisterio. A lo que siguió, en el siglo XIX, la reconstrucción de la nave central, aunque sin respetar la disposición inicial. En esta obra se colocó el balcón y, ya a finales de siglo, se hicieron las torres en la fachada con proyecto de Laureano Arroyo y Velasco.

Es de planta basilical con tres naves separadas por arcos de medio punto, con presbiterio rectangular, baptisterio y sacristía, más las capillas laterales. Pero mientras las capillas del Carmen y del Rosario son iguales y tienen los únicos elementos del Renacimiento -un orden toscano de los vanos de entrada-, los capiteles de la capilla de San José están formados por hojas de acanto entre dos pequeñas molduras, los de la capilla de San Bartolomé son cabezas cónicas entre molduras, mientras que los capiteles de la capilla Mayor son historiados con motivos bíblicos.

Sólo los arcos de acceso a las cabeceras laterales son apuntados y descansan sobre pilares baquetonados que se prolongan hasta la clave del arco. Los pilares que sostienen el cuerpo de arcos de medio punto entre las naves son de basa cúbica, fustes lisos y pseudocapiteles formados por fajas decorativas. La iluminación es mediante ventanas que se abren en los paños de los muros laterales.

El alzado principal es tripartito y se compone de un bloque central, enmarcado en cantería y rematado por hastial curvo, y de dos torres laterales. En el cuerpo central se dispone la portada principal que se forma con un arco apuntado enmarcado en alfiz -de tradición gótica- donde destaca la decoración vegetal entremezclada con figuras antropomórficas y, sobre el mismo, una imagen de San Juan. Además, un hueco circular sigue la línea del hastial. La carpintería de este acceso principal está adornada con tachones de bronce y es del siglo XVIII.

Por su parte, las torres neogóticas están trabajadas en cantería y tienen idéntica composición: base cuadrada, dos cuerpos de base poligonal y remate en campanario de base más compartimentada con coronación en chapiteles. Los tipos de vano son de arco ojival adornados con molduras para la base, óculos con vidrieras para el segundo piso y de medio punto para el tercer cuerpo. Todos estos elementos compositivos se delimitan con molduras. El otro acceso lateral -parte de la Epístola- es más severo, se compone con contrafuertes en piedra y huecos de arcos rebajados.